手紙をもらった後、キノコ城に行く。
奥の部屋でピーチ姫と話す。
揺れがおさまった後、クッパと戦い、負ける。
プロローグ・星とマリオとクリボーと
クリ村に飛ばされる
クリボーたちの家のベランダにいるクリじいを含めクリボーの家族全員に話しかけその後、クリパパの場所に行く
クリパパに話しかけると、カメックババが現れる
門をつぶされてしまった後、クリじいのいたベランダに行こうとすると、落ちる。
近くにいるクリじいに話しかける。そして、左側にある空き地に行く。
一番左にある草むらをＡで探ると、木のハンマーが手にはいる。
空き地から出ようとすると、コワッパが出てくるので倒す。
敵クリボーがいるところを抜けて、クリ村に戻る
ガツーンジャンプをクリじいにもらった後、クリオが仲間になる。
門にある黄色のでかいブロックを壊し、一本道の奥の方にいるクリレッド＆クリブルー兄弟を倒す。
その奥にいるクリキングと疲れたクリレッド＆クリブルー兄弟を倒す。
その後、城の手前にある草むらを探り、青いスイッチを踏み、橋を造る。
次のフィールドに行くと、画面がクッパ城に移る。
道をまっすぐ行き、キノコタウンに行く。
キノコタウン北のスターのドアを外に出て星のふるおかに行く
星のふるおかの一番上に行く
星の精のお話を聞き、舞台がクッパ城になる。
それが終わった後、帰る時にラッキースターをピーチ姫からの贈り物でティンクからもらう。
その後すぐ、カメックと戦う。
デアールの家に入る。話を聞いた後、そこから右に行こうとするがじゃまがいるので、デアールに言いつける。そして進む。
ステージ１
こうりゃく！ノコブロスのとりで
道を進んでいき、行き止まりになっている所がある。その近くの木を叩くとスイッチが落ちてきて、叩くと橋が出来る。
看板がありそれを読むと、ノコノコ村とかかれたのがある。そっちの方向に行く。
その奥のノコノコ村に着いた後、どっかんどっかん爆発が起こっている緑の家を訪ねる
頼みを聞き、その奥のチョロボンの所に行く。
チョロボンの出したクイズで勝ち、青のこうらを返してもらう。
カメキが来てこうらを返した後仲間になる。
チョロボン４匹と対戦となる。
ノコノコ村に帰ったら、行き止まりの所はカメキで向こうにあるスイッチを押し、そこから再びノコブロスの砦に行く。
お話がピーチ姫の方に行く。
暖炉の右にある絵の裏にスイッチがあり、それを押す。
暖炉を抜け、奥にあるスイッチを押し、違う部屋にはいる。
左にあるクッパの日記を読む。読むのをやめようとしてもやめられません。
マリオの方に戻る。
チョールのお話を聞く。
キノコタウンに戻る途中、コワッパと戦う。
キノコタウンの一番南のフィールドにある汽車の駅に行き、邪魔な岩をピンキーで壊してあげる。
ゴツゴツ山に行く汽車に乗る。
ステージ２
アラビンいせきのなぞ
駅をおりたら、上に登り、パレッタに会う。
手紙を３通探してあげる。
１・ゴツゴツ山でセーブブロックを始めて見つけるフィールドの右の方にある手紙をカメキで取る。
２・ゴツゴツ山のはしごが壊れてパレッタがいないと超えられない崖を落ちるとある。
３・ゴツゴツ山のゴツゴツ山でセーブブロックを始めて見つけるフィールドの１つ砂漠側のフィールドの上の方を左に行く。
でっかなすべりだいを滑り、そのまま左に行き、ジャンプ台を使い、上に行き、もう一回すべり台を使い、取る。
手紙を３通パレッタに渡すと、パレッタが仲間になる。
２の手紙をパレッタで飛び、越える
ゲーハーというはげたかのいる橋を越える。
そうするとゲーハーがやってきて、「おまえの名前は何だ」と聞いてきます。
ここで「ルイージ」というと平気ですが、「マリオ」または「ピーチ姫」と答えると戦闘になります。また「ピーチ姫」と答えると、「ここにいるはずない」といわれます。
また、「ルイージ」と答えても、橋の前または橋を渡ったら何回も「おまえの名前は何だ」と聞いてきます。
砂漠に出て、黄色い道をずっとまっすぐ行き、カラカラタウンに行く。
ここから下は、お店でしなびたキノコの次にぼろぼろハンマーを買うというのまで、すっ飛ばしてもいけます。しかし、一回右のフィールドに行き、お店の人を戻らせないと出来ません。
カラカラタウンの一番右にいる緑のネズミに物をあげ、秘密を知る。
そして、そいつにレモンをあげるともう１つ違う秘密を教えてくれる。（１番下の）
教えてもらった秘密を実行すると（カラカラタウンのお店でしなびたキノコを買ってから、ぼろぼろハンマーを買う）ロレンチュ親分に会えるようになる。
もう一回右のフィールドにいる、モノクレーがいた場所に行き、中に入り、上へ行く。
ロレンチュに会い、ピカピカストーンをもらう。
カラカラタウンから砂漠に出てそこから左に４つ、上に３ついくと、石の箱があり、そこにピカピカストーンを入れるとアラビン遺跡が出てくる。
カーメンを倒す
ここでピーチ姫のお話になる。
前の通りに抜け出し、その階の左から２つ目の部屋に入る。
トゲノコに見つからないように、その奥にいるハンマーブロスとトゲノコがいる場所まで行く。
マリオの話に戻り、キャシーさんの家の右にある橋に行く
門番の話を聞いた後、森に入る
ステージ３ 迷いの森
迷いの森を抜け、テレサの屋敷に着く
レサレサがムリヤリ仲間になる
レサレサが仲間になった後、お屋敷の右の方にある道に行き、門を出て、ピューピューヒルに行く
ピューピューヒルをまっすぐ抜け、ドガボンの城に入る
ドガボンを倒し、レサレサがちゃんと仲間になり、セバスチャンからハールを渡される
ここでピーチ姫のお話になる
いつも通り、暖炉の横にあるスイッチを押して、暖炉から脱出するが、出た部屋にすぐクッパたちが居る
ここで質問されて答えたものが、次のステージのストーリーに関わる宝箱の前に登場する
マリオの話に戻り、ハールの話を聞き、スターパワーが３になり「ほしのふるよる」を使えるようになる
キノコタウンに戻ろうと、森に戻ると、コワッパと会い戦い勝つ。下は出会った
クリオ
「なんだあ… コワッパ！？
おまえ ナキベソかいてるじゃん
まいごにでも なってたのか？」
カメキ
「ありゃりゃ マリオさん
この子 まいごみたいっスね」
ピンキー
「ずいぶん ボロっちくなって
どうしたのかしら この子
もしかして まいごじゃないのかしら？」
パレッタ
「あららら… ナキベソかいてますね
まよいの森で まいごに なってたんでは
ないでしょうか？」
レサレサ
「だれですの？
このあつっくるしいのは…
ひょっとして この森で まいごに
なっていらしたとか？」
キノコタウンに戻り、キャシーさんの家の東側のフィールドでティンクに会う
郵便局に入り盗まれ、ロテンの店で盗まれ、フラワーマークのお店で物を盗まれた後、ティンクにあったフィールドの一番左にある家に入り レサレサで透明になって待つと、ヘイホーがマリオに気づかずに通路を明かし、その後、出入りが出来るようになる
おもちゃ箱の中に入る
ステージ４ とつげき！おもちゃばこ
（左に行くと、計算機を持つヘイホーが居る） 入ったフィールドの右の道をまっすぐ行き、宝箱前でピーチの答えたものが出てきて、それに勝つか、取るかで、宝物の中のお店のカギをゲットする
お店のカギで、お店の倉庫をあけ、おもちゃのでんしゃをゲットする
おもちゃのでんしゃをおもちゃ箱の外から入れる
電車でピンク駅に行く
（ピンク駅の右側にある宝箱にてがみのフクロがある）
ピンク駅の右側にある道を行き、奥でピーチ姫が選んだ敵と戦うまたは、アイテムを取り、宝箱の中にあるフライパンをゲットする
キャシーさんにフライパンを返し、ケーキをもらい、ピンク駅の左側の道を奥に行ったところにいるグルメヘイホーに渡す
（グルメヘイホーに渡すと、おりょうりのほんを落としていき、これをキャシーさんに渡すと、アイテム２つで料理することも出来るようになる
グルメヘイホーのいた踏切を通り、奥のレバーを引き、グリーン駅に行けるようにする