地球だと思われる星に二人が落下。

↓
ピクミンを増やし、チャッピーを倒しながら二人が合流する。
あいとゆうきリアクターを回収し１日目が終わる。

↓
始まりの洞窟で紫ピクミンを発見しスフィアマップを手に入れ、めざめの森に入る。 ↓
めざめの森の白い花園で白ピクミンを発見しジオグラフィックシステムを回収し、まどいの水源に入れるようにする。

↓
まどいの水源でヤキチャッピーを倒したあと、奥にいる黄ピクミンを発見する

↓
めざめの森の青オニオン手前にある電気の壁を黄ピクミンで壊し、青ピクミンを発見する。

↓
全てのピクミンがそろうと、あとはどういう順番でも進みます。
１００００ポコ稼ぐと、デモが流れる。ルーイが星に置いてきぼりになり、行方不明となり
まだ続けますかとでてきたところで「はい」を選ぶとルーイの代わりに社長がパートナーとなり続く
↓
のぞみの大地に行けるようになる。

↓
のぞみの大地にある夢の穴で、いろんなパーツを付けたヘラクレスオオヨロイグモを倒し
ルーイを「虫の王」という名前のお宝品目で救出（回収？）する。ちゃんと価値がつきます。